Проще пользоваться uTorrent portable , то есть без установки... и файлы настроек хранить в папке с торрентом. Скопируй на локальный диск, а не на системный, тогда и проблем не будет после переустановки или еще чего.
Да и для флешки может пригодиться
uTorrent portable